Mega proyek ini terdiri dari tiga fase, yakni A, B, dan C. Secara keseluruhan, proyek ini diperkirakan menelan biaya Rp 600 triliun.
Fase A difokuskan untuk meningkatkan perlindungan pantai yang ada saat ini, penguatan dan pengembangan tanggul-tanggul pantai yang sudah ada sepanjang 30 kilometer, dan membangun 17 pulau buatan di Teluk Jakarta.
Kegiatan pencanangan dari fase pertama ini dilaksanakan pada awal September 2014. Pelaksanaan konstruksi dilaksanakan di awal 2016.
Fase B difokuskan pada upaya membangun tanggul laut luar barat dan waduk besar yang diperkirakan akan dibangun dalam kurun waktu 2018 sampai dengan 2022.
Kemudian fase C difokuskan untuk membangun tanggul luar timur yang akan dibangun setelah tahun 2023. Beberapa pengembangan jangka panjang di sisi timur teluk Jakarta dilakukan dengan menutup bagian dari teluk untuk mengantisipasi jika penurunan muka tanah di Jakarta bagian timur tidak dapat dihentikan.
Dalam pelaksanaannya, akan disediakan bagian tanggul timur dengan jalan tol akses Tangerang-Bekasi untuk mengurangi dampak atas penutupan ini. Dari ketiga fase tersebut, hanya fase A yang menjadi prioritas KPPIP.