Namun, meski ada rencana groundbreaking, ternyata proyek HST yang dikerjakan oleh konsorsium BUMN Indonesia dan China itu belum mengantongi izin trase (rute) dari Kementerian Perhubungan (Kemenhub).
Hingga dilakukan groundbreaking, isu ini terus berhembus lantaran disebut masih belum memenuhi sejumlah izin dari Kementerian/Lembaga terkait groundbreaking yang dilakukan, sehingga menimbulkan kesan terburu-buru.
Pihak Istana Kepresidenan kemudian angkat suara perihal pro kontra yang muncul soal mega proyek ini setelah dilaksanakan groundbreaking. Istana menegaskan proyek ini mulai diluncurkan karena telah memperoleh rekomendasi dari menteri terkait seperti Menteri Badan Usaha Milik Negara (BUMN) Rini Soemarno, Menteri Perhubungan Ignasius Jonan, dan Menteri Lingkungan Hidup dan Kehutanan Siti Nurbaya.
"Sikap awal pemerintah dalam hal ini Presiden kan memang proyek kereta api cepat ini setelah dia mendapat laporan dari menteri masing-masing. Lalu diputuskan lah untuk meneruskan proyek ini," Kata Juru Bicara Presiden, Jonan Budi di Kompleks Istana Kepresidenan, Jakarta Pusat, Rabu (27/1/2016).
Istana menilai proyek kereta cepat akan terus dilakukan evaluasi pasca groundbreaking, termasuk masalah pengurusan kelengkapan izin yang saat ini berada di Kementerian Perhubungan (Kemenhub) dan Kementerian Lingkungan Hidup Kehutanan (LHK).
"Soal perizinan yang kemudian disampaikan Menteri LHK dan Menhub, itu bisa jalan dalam proses itu bisa jalan, walaupun groundbreaking sudah. Tentu ada evaluasi secara terus menerus yang akan dilakukan oleh Presiden," tambahnya.
Terkait respons penolakan dan kritik terkait mega proyek kereta sepanjang 142 kilometer (km) ini, Johan menyebut Presiden Joko Widodo (Jokowi) tetap menaruh perhatian.
"Kemudian setelah groundbreaking ada suara-suara yang berbeda. Tentu ini masukan buat Presiden ya untuk kemudian menanyakan kembali ke menteri terkait," sebutnya.
Johan menampik tudingan yang menyebut perizinan kereta cepat terkesan dikebut dan persiapan seadanya. Ia mengaku HST telah disiapkan sejak jauh-jauh hari.
"Proses ini sebenarnya jangan dimaknai mendadak, yang saya dengar, proyek ini sudah dibicarakan sejak setahun lalu. Termasuk Amdal misalnya, itu kan dibicarakan sejak 6 bulan lalu," tegasnya.