Menurut data KKP, wilayah tangkap ikan tuna di Indonesia hingga mencapai Perairan Kabupaten Wakatobi yaitu daerah Laut Banda, Sulawesi Tenggara, dan sekitarnya. Perairan Wakatobi merupakan habitat khususnya jenis tuna sirip kuning (yellowfin β Thunnus albacares).
Selain itu khusus untuk daerah di kawasan timur Indonesia lainnya juga didominasi oleh habitat ikan tuna cakalang. Puncak musim penangkapan ikan cakalang pada umumnya berkisar pada musim peralihan I (April, Mei, dan Juni) hingga awal musim timur.
Di Maumere (Nusa Tenggara Timur) misalnya, puncak musim terjadi pada bulan Februari dan November, yaitu akhir musim barat dan akhir musim peralihan II yang berselang selama empat bulan. KisaranΒ bulan-bulan musim penangkapan ikan tuna dan cakalang adalah sebagai berikut:
Perairan Selat Makassar bagian selatan: Maret-Juli
Laut Flores: September-Maret
Laut Banda: September-Maret
Perairan Aru: September-Maret
Laut Arafura: Agustus-Mei
Laut Seram: Agustus-Maret
Laut Maluku: Agustus-Maret
Bahkan wilayah tangkap tuna terbesar di Indonesia banyak dijumpai di laut lepas di perairan Bali berbatasan dengan negara Australia.